Функциональные подсистемы ИСУП могут строиться по различным принципам: предметному; функциональному; проблемному; смешанному (предметно-функциональному).

Принципы предметной направленности использования ИСУП в хозяйственных процессах промышленного предприятия определяются соответствующими подсистемами управления производственными и финансовыми ресурсами: материально-техническим снабжением, производством готовой продукции, персоналом, сбытом готовой продукции, финансами. При этом в подсистемах рассматривается решение задач на всех уровнях управления, обеспечивая интеграцию информационных потоков по вертикали. Для реализации функций управления выделяют функциональные подсистемы: прогнозирование, нормирование, планирование (технико-экономическое и оперативное), учет, анализ и регулирование, которые реализуются на различных уровнях управления и объединены в следующие контуры управления: маркетинг, производство, логистика, финансы.

Проблемный принцип формирования подсистем отражает необходимость гибкого и оперативного принятия управленческих решений по отдельным проблемам, например решение задач бизнес-планирования, управления проектами. Такие подсистемы могут реализовываться в виде локальных ИС, импортирующих данные из корпоративной информационной системы (например, система бизнес-планирования на основе Project-Expert или Альт-Инвест), или в виде специальных подсистем в рамках КИС (например, информационной системы руководителя).

На практике чаще всего применяется смешанный (предметнофункциональный) подход, согласно которому построение функциональной структуры ИСУП — это разделение ее на подсистемы по характеру хозяйственной деятельности, которое должно соответствовать структуре объекта и системе управления, а также выполняемым функциям управления. Используя этот подход, выделен следующий типовой набор функциональных подсистем в общей структуре ИСУП предприятия, реализованных в виде программных модулей.